Het College van Burgemeester en Wethouders vormt het dagelijks bestuur van Harlingen. Burgemeester en wethouders voeren de besluiten van de gemeenteraad uit en bereiden deze besluiten voor. Het College is daarnaast over het gevoerde beleid verantwoording schuldig aan de gemeenteraad en kan door de gemeenteraad ter verantwoording worden geroepen.
Het College van B&W bestaat uit een burgemeester en drie wethouders. De gemeentesecretaris is de eerste beleidsadviseur van het college.
De VVD heeft één wethouder in in het College. Deze functie wordt uitgeoefend door Paul Schoute.